Las meningitis virales, más frecuentemente son provocadas por enterovirus, se diseminan a través de la saliva o las heces. El virus ingresa al cuerpo a través de la mucosa orofaringea (boca y garganta) , se multiplica, se elimina por secreciones orales (saliva), pudiendo contagiar a otros por esta vía o bien, tragarse y pasar a sistema digestivo hasta excretarse por la materia fecal. Al mismo tiempo que hace su paso por el aparato digestivo, pasa a la sangre y se replica, dirigiéndose desde la circulación a distintos órganos, pero en este caso en particular, invade las meninges.

En cuanto a las meningitis bacterianas, por ej. la provocada por meningococo, la situación es distinta. Se cree que el hábitat natural del meningococo es la nasofaringe del hombre, y que, como hablamos en la sección de contagio, la bacteria pasa de una persona a otra por contacto directo con las secreciones respiratorias o la saliva.

La bacteria puede "colonizar" la mucosa nasofaríngea humana y producir un estado de "portador", sin provocar enfermedad invasiva en esa persona. En ciertas circunstancias, la bacteria logra atravesar ese epitelio (membrana celular que recubre la cavidad de boca y nariz). De ese modo el meningococo llega al torrente sanguíneo, donde prolifera, circula por todo el organismo y finalmente desarrolla meningitis luego de penetrar las barreras del Sistema Nervioso central, llegando al su entrada al líquido cefalorraquídeo.